酵素は、シグナル伝達および細胞調節に不可欠で、しばしばキナーゼおよびホスファターゼを介して作用する。ウイルスはまた、HIVインテグラーゼおよび逆転写酵素などの細胞を感染させるための酵素、またはインフルエンザウイルスノイラミニダーゼのような細胞からウイルス放出のために使用する酵素を含む。
プロテアーゼ（プロテイナーゼ、ペプチダーゼ、またはタンパク質分解酵素とも呼ばれる）は、すなわち、ポリペプチド鎖におけるアミノ酸を一緒に連結するペプチドの加水分解によってタンパク質異化を開始する、タンパク質分解を行う酵素である。プロテアーゼは、多数の異なるメカニズムによってこれらの反応を行うように進化してきた。
キナーゼは、高エネルギーリン酸結合を有する分子からリン酸基を特定の基質に転移する酵素の総称であり、代謝、細胞シグナル伝達、タンパク質調節、細胞輸送、分泌プロセスおよび他の多くの細胞経路において非常に重要である。
