RNA免疫沈降/RIPとは何ですか?

RNA結合タンパク質はRNA代謝の全ての面で重要な役割を果たしている。特にmRNAの調節およびその後の遺伝子発現パターンの制御における役割はますます明らかになっている。

RNA免疫沈降(RIP)は、個々のタンパク質とインビボ特定のRNA分子との会合を検出するために使用される有力な技術である。生細胞をホルムアルデヒドで処理して、近位分子間のタンパク質-RNA架橋を生成させる。目的のタンパク質の免疫沈降および架橋逆転に続いて、関連するRNAを逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応(RT-PCR)によって回収し、特徴づけ、定量することができる。

特定RNA領域のタンパク質との会合は、様々な条件(例えば、異なる環境および細胞周期状態)および/または突然変異株において実施することができる。さらに、ホルムアルデヒドはほとんど細胞への添加直後に細胞酵素を不活性化するため、RIPは特定の時点でタンパク質-RNA相互作用のスナップショットを提供し、したがってインビボでRNAに生じる事象の動態分析に有用である。

RIPの基礎知識はクロマチン免疫沈降(ChIP)と非常に似ているが、RIPによって得られる可能性を最大限に活用することは注意すべきポイントである。