クロマチン免疫沈降/ChIPとは何ですか?

クロマチン免疫沈降(ChIP)は、特定のタンパク質またはタンパク質の修飾形態とゲノムDNA領域との間の相互作用を研究するための貴重な方法である。ChIPは、転写因子が候補標的遺伝子と相互作用するか否かを決定するために使用され、特定のゲノム位置で翻訳後修飾を有するヒストンの存在をモニターするために等しい頻度で使用される。初期のChIP研究では、トランスイルミネーターからのUV光を用いてタンパク質を不可逆的にDNAに架橋させた。次に、制限酵素で架橋したクロマチンを超音波処理または切断して小さなDNA断片を生成し、続いて所望の抗体で免疫沈降させた。次いで、沈殿したタンパク質-DNA付加物を精製し、プロテアーゼで処理し、クローニングされた目的のDNA断片に由来する放射性標識プローブを用いてドットブロットまたはサザンブロットにより分析した。

ホルムアルデヒドをChIP用可逆的なタンパク質-DNAおよびタンパク質 - タンパク質架橋剤として使用する。ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を使用して、沈殿したDNA断片を検出する。これはすでにChIP手順の構成要素になった。以下のプロトコルは、哺乳動物細胞で使用する標準的なChIP手順を代表する。
成長する細胞にホルムアルデヒドを添加することによって架橋を行い、染色質を調製し、超音波処理によりせん断し、予め除去して非特異的免疫沈降を減少させる。免疫沈降は特異的抗体を用いて行われる。タンパク質A-またはプロテインG-アガロース樹脂からタンパク質-DNA複合体を溶出して、サンプルを加熱して共有結合架橋を逆転させる。DNA断片を精製し、PCRまたはリアルタイムPCRによって分析する。